A l’issue des travaux de la mission de préfiguration du Conservatoire botanique, les collectivités impliquées dans la démarche ont choisi de retenir le syndicat mixte ouvert, comme structure juridique porteuse du Conservatoire botanique.
Le fonctionnement général du Conservatoire botanique est décrit dans ses statuts (missions, fonctionnement de ses différents organes, contributions financières, répartition des voix pour la prise des décisions,...). Ces dispositions générales sont complétées par des documents plus précis, comme les règlements intérieurs.
Les statuts peuvent être révisés en fonction des besoins qui se font jour ; ils sont actualisés à chaque modification statutaire (ex : adhésion d’un nouveau membre), afin de faciliter leur lisibilité.